La riattivazione degli acquedotti, portò alla rivalutazione dei colli romani come luoghi ameni di residenze estive principesche. Tra queste, Villa Borghese insisteva su di un terreno elevato e ventilato, ricco d'orti, vigne e frutteti. La villa nacque su progetto di Flaminio Ponzio (1560-1613), su ordine di Scipione Borghese. L'area, partendo dal Muro Torto, comprendeva l'attuale Aranciera, raggiungendo la zona ove sarebbero sorti, in futuro, il Giardino del Lago, piazza di Siena, il Casino dell'Orologio, e Porta Pinciana, punto di raccordo della villa con il centro di Roma. Quest'ultima zona fu donata da Tommaso d'Avalos d'Aquino nel 1608. Questa zona, insieme alla vigna Crescenzi, ed alle precedenti acquisizioni dei fratelli Borghese, formarono il primo nucleo della villa. Altre zone di verde furono acquisite dopo la morte del Ponzio. Le nuove acquisizioni interessarono le zone comprese tra l'antica Via Traversa, la Via Pinciana, e la Via delle Tre Madonne (ora Aldrovrandi). Inoltre si acquisì, l'area del Casino del Graziano, del Giardino del Lago e la vallata di fronte allo Zoo. Villa Borghese, nella sua totalità, rimarrà immutata fino alla fine del Settecento.