Come S. Lorenzo in Damaso, anche la basilica di S. Marco è inserita in un maestoso palazzo (detto « palazzo Venezia » perché donato da Pio Il alla Repubblica veneta) costruito nel 1466 dal veneto Pontefice Paolo II, e da suo nipote il Cardinale Marco Barbo, da lui nominato titolare della basilica.
Però a differenza di S. Lorenzo in Damaso, S. Marco possiede, all’esterno, una grandiosa facciata di travertino formata da due portici a tre arcate sovrapposti. Nei possenti pilastri del primo piano, sono incassate le colonne che sostengono la trabeazione in aggetto; mentre le arcate sono chiuse da giganteschi cancelli di ferro battuto. Il piano superiore, ripete il motivo architettonico di quello inferiore, ma le colonne sono sostituite da esili lesene corinzie.
Dietro la facciata si vede spuntare un timido campanile romanico.
Sotto il portico, le pareti sono cosparse di lapidi, di stemmi e di frammenti di plutei, si scorge il frammento d’antico pozzo con iscrizione. Nella parete centrale si aprono le tre porte d'ingresso alla chiesa. La maggiore è adorna di un portale finemente scolpito e sormontato da una lunetta, ove è raffigurato S. Marco Evangelista: bassorilievo quattrocentesco d'ignoto artista toscano. Un piccolo leone è disteso ai piedi della porta.
L'origine della chiesa risale all'epoca costantiniana: fu eretta nel 336 da S. Marco papa in onore di S. Marco Evangelista; però del primitivo tempio più nulla rimane.
Adriano I nell'VIII secolo la restaurò, ma, essendo la basilica ridotta in condizioni miserevoli, fu abbattuta e completamente riedificata nel IX secolo da Gregorio IV, il quale la fece ornare dei mosaici ancora esistenti. Questo edificio è quello pervenuto, in linea generale, sino a noi.
Per alcuni gradini si scende fino al tempio; dell’antico non è rimasto che la forma basilicale, i mosaici absidali, le finestre, parte del pavimento cosmatesco ed il soffitto rinascimentale. Alla primitiva struttura architettonica man mano si sono sovrapposti i vari rifacimenti, cancellando quasi completamente l’austero aspetto della basilica dell’IX secolo.
Il Vasto ambiente è diviso in tre navate da un doppio porticato, e mentre le pareti della nave maggiore sono sorrette da archetti poggianti sui Capitelli ionici delle colonne rivestite di diaspro di Sicilia, dietro a queste è, una serie di pilastri marmorei reggenti la volta a crociera delle navi minori.
In alto leggiadre bifore romaniche riempiono di luce l’ambiente, e fanno risaltare il ligneo soffitto piano a cassettoni, adorno di fregi e di rosoni dorati, che brillano sull'azzurro fondo. Nel mezzo, in tre riquadri più grandi, è riprodotto lo stemma di Paolo II.
