L'origine di S. Pietro in Vincoli sembra sia molto più remota di quanto comunemente si affermi.
Infatti, l’appellativo di « Basilica Eudossiana » lascia credere sia fondata dalla moglie di Valentiniano III: nel V secolo; mentre fu l'imperatrice Eudossia a riedificare la chiesa già esistente per custodirvi le catene con cui Pietro fu legato in Palestina, da lei donata al Pontefice S. Leone Magno, e, secondo la tradizione, miracolosamente unitesi con l'altra adoperata anch’essa per il Principe degli Apostoli nel carcere Mamertino di Roma.
Vi è chi crede, che lo stesso S. Pietro avesse eretto in quel luogo un oratorio per adunare i primi fedeli; distrutto poi dall'incendio di Nerone, e ricostruito dai cristiani. In ogni modo è ormai accertato che la data di fondazione della basilica, primitivamente dedicata ai SS. Apostoli, è antecedente al V secolo.
Si ha cognizione di un primo restauro sotto il pontificato di Sisto III; dopo la riedificazione dell'Imperatrice Eudossia, Papa Pelagio I nel VI secolo, ordinò parecchi lavori, e vi depose le reliquie dei sette fratelli Maccabei, martiri nel II secolo in Antiochia.
Adriano I nel secolo VIII, fece di nuovo ricostruire la chiesa, oggetto ancora di restauri sotto Sisto IV e Giulio II, che n’erano stati cardinali titolari. Nel 1705 un altro restauro fu eseguito dall’architetto Francesco Fontana; nel 1706 il Principe G. B. Pamphilj fa costruire la volta di legno, e nel 1765 si demolisce anche il pavimento antico, rifacendolo a mattoni, come si vede adesso.
Nei grandi lavori ordinati da Pio IX nel 1876 furono ritrovate in un sarcofago del IV secolo, sotto la tribuna, le reliquie dei fratelli Maccabei, ed una piccola abside anch’essa del IV secolo, appartenente al primitivo tempio.
La facciata è costituita da un grandioso portico, costruito nel restauro da Sisto IV, sostenuto da quattro pilastri, e chiuso da un'artistica cancellata, fatta eseguire da Clemente XI. Sotto il portico, per l’unica porta, si entra nella basilica, che conserva in parte l’antico aspetto: vastissima e imponente colpisce, non per la ricchezza delle decorazioni, perché le pareti sono bianche e nude, ma per il bellissimo colonnato, che la divide in tre navate.
Sono venti magnifiche colonne di marmo pario, d'ordine dorico, provenienti da un edificio romano, forse la Prefettura urbana, che quasi si serrano l’una all’altra, tanto, sono stretti gli intercolunni, formanti uno scenario superbo, che fa dimenticare la povertà delle ornamentazioni, e la brutta volta lignea, nel cui centro signoreggia un macchinoso affresco del genovese G. P. Parodi (1674-1730) rappresentante “ un indemoniato liberato dal tocco delle catene”.
In fondo, dietro l'arco trionfale, sorretto da due colonne corinzie di granito, si allarga la grandiosa tribuna affrescata con storie della vita di S. Pietro, dal fiorentino Giacomo Coppi, uno dei tanti manieristi del tardo Cinquecento, seguace del Vasari.
Nel centro è la confessione, costruita nel restauro di Pio IX dall’architetto Vespignani, chiusa e rivestita di rari marmi policromi.