Nella storia del restauro Boito si colloca ad un livello intermedio tra il mito dell'unità stilistica di Viollet-le-Duc ed il ruinismo inglese di John Ruskin.
Egli, infatti, indicò una terza via che individuava nella conservazione del monumento - documento, lo scopo della necessaria opera di restauro. Il suo contributo, inoltre, sia come docente che come architetto e critico militante, ruota intorno alla questione dello " stile futuro dell'architettura italiana ".
Dopo un primo periodo in cui subì l'influenza delle idee di Viollet-le-Duc, Boito nel 1883, al IV Congresso degli ingegneri e degli architetti, propose una teoria del restauro basata sulla conoscenza storica e sulla salvaguardia dell'autenticità del monumento. Al riguardo arriva, a sostenere di preferire i restauri malfatti ai restauri fatti bene. Infatti mentre quelli malfatti lasciando distinguere la parte antica dalla parte moderna, sono da preferire agli altri che, si mimetizzano con il preesistente.
I punti fondamentali del suo pensiero sono contenuti nel famoso documento redatto nel corso del Congresso di Roma; in esso, facendo riferimento alle circolari ministeriali relative ai restauri degli edifici, in particolare a quella del 1882, si indicano sette punti importanti sui quali basare l'intervento di restauro.
II testo della circolare n. 683 bis del 21 luglio 1882, e delle successive, è riportato in M. Bencivenni, R. Dalla Negra, P. Grifoni, Monumenti e Istituzioni, parte II, Firenze 1992, pp. 49-50.
Si è ritenuto importante riportare integralmente il testo.
"Considerando che i monumenti architettonici del passato, non solo valgono allo studio dell'architettura, ma servono, quali documenti essenzialissimi, a chiarire e ad illustrare in tutte le sue parti la storia dei vari tempi e dei vari popoli, e perciò vanno rispettati con iscrupolo religioso, appunto come documenti, in cui una modificazione anche lieve, la quale possa sembrare opera originaria, trae in inganno e conduce via via a deduzioni sbagliate.
La prima sezione del III Congresso degli ingegneri ed architetti, presa cognizione delle circolari inviate dal Ministro della pubblica istruzione ai prefetti del regno intorno ai restauri degli edifici monumentali, raccomanda le seguenti massime:
1. I monumenti architettonici, quando sia dimostrata incontrastabilmente la necessità di porvi mano, devono piuttosto venire consolidati che riparati, piuttosto riparati che restaurati, evitando in essi con ogni studio le aggiunte e le rinnovazioni.
2. Nel caso che le dette aggiunte o rinnovazioni tornino assolutamente indispensabili per la solidità o per altre cause invincibili, e nel caso che riguardino parti non mai esistite o non più esistenti e per le quali manchi la conoscenza sicura della forma primitiva, le aggiunte o rinnovazioni si devono compiere con carattere diverso da quello del monumento, avvertendo che, possibilmente, nell'apparenza prospettica le nuove forme non urtino troppo con il suo aspetto artistico.
3. Quando si tratti invece di compiere cose distrutte o non ultimate in origine per fortuite cagioni, oppure di rifare parti tanto deperite da non poter più durare in opera, e quando nondimeno rimanga il tipo vecchio da riprodurre con precisione, allora converrà in ogni modo che i pezzi aggiunti o rinnovati, pure assumendo la forma primitiva, siano di materia evidentemente diversa, o portino un segno inciso o meglio la data del restauro, sicché neanche su ciò possa l'attento osservatore venire tratto in inganno. Nei monumenti dell'antichità o in altri, ove sia notevole la importanza propriamente archeologica, le parti di compimento, indispensabili alla solidità ed alla conservazione, devono essere lasciate coi soli piani semplici e con le sole riquadrature geometriche dell'abbozzo, anche quando non appariscono altro che la continuazione od il sicuro riscontro di altre parti antiche sagomate
4 Nei monumenti, che traggono la bellezza, la singolarità, la poesia del loro aspetto dalla varietà dei marmi, dei mosaici, dei dipinti, oppure dal colore della loro vecchiezza, o dalle circostanze pittoresche in cui si trovano, o perfino dallo stato rovinoso in cui giacciono, le opere di consolidamento, ridotte allo strettissimo indispensabile, non dovranno scemare possibilmente in nulla, coteste ragioni intrinseche ed estrinseche di allettamento artistico.
5 Saranno considerate per monumenti e trattate come tali quelle aggiunte o modificazioni, che in diversi tempi fossero state introdotte nell'edificio primitivo, salvo il caso in cui, avendo un'importanza artistica e storica manifestamente minore dell'edificio stesso e nel medesimo tempo svisando o mascherando alcune parti notevoli di esso, sia da consigliarne la rimozione o la distruzione. In tutti i casi nei quali riesca possibile e ne valga la spesa, le opere di cui si parla verranno serbate o nel loro insieme od in alcune parti essenziali, possibilmente accanto al monumento da cui furono rimosse.
6 Dovranno eseguirsi, innanzi di por mano ad una opera anche piccola di riparazione o di restauro, le fotografie del monumento, poi di mano in mano le fotografie dei principali periodi del lavoro, e finalmente le fotografie del lavoro compiuto. Questa serie di fotografie sarà trasmessa al Ministero della pubblica istruzione insieme coi disegni delle piante, degli alzati e dei dettagli, ed occorrendo con gli acquerelli colorati, ove figurino con evidente chiarezza tutte le opere conservate, consolidate, rifatte, rinnovate, modificate, rimosse o distrutte. Un resoconto preciso e metodico delle ragioni e del procedimento delle opere e delle variazioni di ogni specie accompagnerà i disegni e le fotografie. Una copia di tutti i documenti ora indicati dovrà rimanere depositata presso le fabbricerie delle chiese restaurate e presso l'ufficio cui spetta la custodia del monumento.
7 Una lapide da infiggersi nell'edificio ricorderà le date e le opere principali del restauro.